Główne cele Sekcji to:
- Podnoszenie naukowego i zawodowego poziomu wiedzy osób pracujących lub chcących pracować w przemyśle farmaceutycznym,
- Dążenie do rozwoju nauk związanych z przemysłem farmaceutycznym,
- Popularyzacja osiągnięć naukowych,
- Wparcie dla farmaceutów w ich doskonaleniu zawodowym i naukowym,
- Opracowywanie i rozwiązywanie zagadnień związanych z przemysłem farmaceutycznym, w tym związanych z kształceniem specjalistów dla przemysłu farmaceutycznego.