Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego został utworzony w marcu 1949 r. Pierwszym prezesem był zastępca profesora, dr farm. Henryk Ellert, a teren działalności Oddziału pokrywał się z terenem działania Okręgowych Izb Aptekarskich w Gdańsku, Bydgoszczy Olsztynie i Szczecinie. Na przestrzeni lat obszar działania Oddziału skurczył się do terenu byłych województw - gdańskiego i elbląskiego. Nowy podział administracyjny kraju nie skutkował, jak dotychczas żadnymi zmianami w strukturze organizacyjnej Towarzystwa. Oddział liczy około 500 członków, a jego siedzibą jest Wydział Farmaceutyczny Akademii Medycznej w Gdańsku.
W 50-letniej historii Oddziału funkcje prezesa pełniło dwunastu profesorów i docentów l z Wydziału Farmaceutycznego AMG - po H. Ellercie ( 1949-51), Józef Wierzchowski ( 1951-52 , 1957-59, 1971 -74), Stanisław Byczkowski ( 1952-54, 1962-64), Jerzy Tułecki ( 1954-55), Adolf Fiebig (1955-56, 1959-62), Józef Kołodziejski (1956-57, 1964-67), Leszek Rylski (1967-71), Irena Grabowska (1974-76), Michał Nabrzyski (1976-83) , Andrzej Regosz (1983-89), Feliks Gajewski (1989-98), Marek Wesołowski (1998-2008) i obecnie Piotr Kowalski (od 2008).
W 1969 r. w ramach Oddziału Gdańskiego wyodrębniło się Koło Żuławskie, którego organizatorem i pierwszym przewodniczącym był dr farm. Edward Wawrzyniak. Koło Żuławskie miało siedzibę początkowo w Malborku, a następnie w Elblągu. Jednym z jego osiągnięć było zorganizowanie terenowej służby toksykologicznej na obszarze Żuław . Koło uległo likwidacji po 26 latach działalności. w 1995 r.
W okresie najaktywniejszej działalności Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego, w strukturze organizacyjnej Oddziału Gdańskiego funkcjonowały cztery sekcje - Aptek Otwartych, Aptek Szpitalnych, Analityczna i Oświaty Sanitarnej . Aktualnie duża aktywność wykazuje tylko Sekcja Aptek Szpitalnych , której wieloletnią przewodniczącą jest mgr farm. Ewa Tobolska-Klimek. Działalność Sekcji Oświaty Sanitarnej zawieszono w 1983 r. , natomiast Sekcji Analitycznej i Aptek Otwartych w 1992 r.
Oddział Gdański był organizatorem dwóch zjazdów naukowych PTFarm. W 1958 r. l odbył się w Gdańsku IV Naukowy Zjazd, którego przewodniczącym komitetu organizacyjnego był prof. dr hab. J. Wierzchowski. Zjazd zgromadził około 1500 uczestników oraz delegacje Towarzystw Farmaceutycznych z Wielkiej Brytanii, Francji i krajów socjalistycznych. Z kolei w 1979 r. odbył się XI Naukowy Zjazd, w trakcie którego otwarto Izbę Muzealna Farmacji w aptece przy u1. Długiej. Przewodniczącym komitetu organizacyjnego zjazdu był doc. dr hab. M. Nabrzyski.
Środowisko gdańskich farmaceutów było także organizatorem kilku innych sympozjów i konferencji naukowych o zasięgu ogólnopolskim. Sekcja Aptek Otwartych PTFarm wspólnie z Przedsiębiorstwem Zaopatrzenia Farmaceutycznego Cefarm w Gdańsku zorganizowała w 1974 r. konferencję nt. " Giełda marzeń gdańskiej farmacji ". W dwa lata później ta sama sekcja zorganizowała I Ogólnopolska Konferencję Naukowa Zespołu Sekcji Aptek Otwartych PTFarm nt. "Organizacja pracy w aptece otwartej ". Przewodniczącym komitetu organizacyjnego był mgr farm . Ryszard Jarocki
Kolejna, tym razem uroczysta Sesja Naukowa odbyła się z okazji 50 rocznicy utworzenia Wydziału Farmaceutycznego AMG i 50 rocznicy powstania Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. W skład komitetu organizacyjnego wchodzili przedstawiciele Wydziału Farmaceutycznego , Gdańskiej Okręgowej Izby Aptekarskiej oraz Oddziału Gdańskiego PTFarm. Sesja odbyła się 6 maja 1997 , uczestniczyły w niej władze trójmiejskich szkół wyższych i instytutów naukowych, dziekani Wydziałów Farmaceutycznych w kraju oraz przedstawiciele władz administracyjnych Gdańska i prezes Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. Gościem szczególnym był ks. Arcybiskup Metropolita Gdański Tadeusz Gocłowski, który z tej okazji odprawił uroczystą Msze Świętą. W ramach sesji wygłoszono 4 referaty plenarne, w tym jeden przez profesora Uniwersytetu w Strasburgu (Francja) oraz przedstawiono 53 postery. Były one przeglądem osiągnięć naukowych pracowników Wydziału Farmaceutycznego AMG.
Uroczystą Sesją Naukową nt. "Farmaceutyczne eksponaty muzealne w Polsce" uczczono także 50 lat Oddziału Gdańskiego PTFarm. Sesja odbyła się 16 kwietnia 1999 r. na Wydziale Farmaceutycznym . Jej organizatorem był Zarząd Oddziału Gdańskiego przy współpracy z Wydziałem Farmaceutycznym AMG i Gdańską Okręgową Radą Aptekarską. Uczestniczyły w niej władze uczelni i wydziału , prezes Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego, Gdańskiej Okręgowej Izby Aptekarskiej, prezes i Oddziałów Terenowych i członkowie prezydium Zarządu Głównego PTFarm. Wygłoszono dwa referaty plenarne prezentujące osiągnięcia Oddziału Gdańskiego w minionym półwieczu i stan muzealnictwa farmaceutycznego w Polsce. Rozszerzeniem ostatniego tematu była sesja plakatowa, na której w formie 34 plakatów reprezentowane były zbiory eksponatów farmaceutycznych zgromadzonych w muzeach, między innymi w Muzeum Farmacji Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.
W 1999 r., w ramach programu TEMPUS Oddział Gdański PTFarm współorganizował z Polskim Towarzystwem Farmakologicznym i Gdańską Okręgową Izbą Aptekarska międzynarodowego sympozjum nt. "Jakość usług farmaceutycznych w szpitalu". Aktualnie, wspólnie z Hurtownią Leków Pharmag Oddział uczestniczy w przygotowaniach do jubileuszu z okazji "600 lat aptekarstwa w 1000-letnim Gdańsku".
Jedną z form działania Oddziału są regularnie odbywające się zebrania naukowo-szkoleniowe. Od początku istnienia Oddziału zorganizowano kilkaset zebrań, na których wygłaszano referaty o tematyce interesującej ogół farmaceutów . Prelegentami byli wybitni specjaliści z uczelni i instytutów naukowych w kraju i z zagranicy, między innymi z USA, Japonii, Rosji, Wielkiej Brytanii, Francji i Niemiec. Wiele zebrań zorganizowano wspólnie z Polskim Towarzystwem Toksykologicznym, Farmakologicznym, Lekarskim i Gdańską Okręgową Izbą Aptekarską. Ponadto, dla uczczenia przypadającego w 1995 r. 50-1ecia AMG, na zebraniach naukowo-szkoleniowych Oddziału wygłoszono cykl wykładów nt. "Historia i osiągnięcia katedr i zakładów Wydziału Farmaceutycznego AMG". Prelegentami byli kierownicy katedr.
Jednym z ważniejszych osiągnięć Oddziału w minionym 50-1eciu było notarialne przekazanie Oddziałowi Gdańskiemu PTFarm zbiorów muzealnych przechowywanych w aptece "Ratuszowa" przy ul. Długiej w Gdańsku. Eksponaty muzealne gromadziło przez kilkadziesiąt lat środowisko gdańskich farmaceutów, a koszty związane z utrzymaniem zbioru we właściwej kondycji pokrywało PZF Cefarm . Aktu przekazania zbioru prof. Feliksowi Gajewskiemu, ówczesnemu prezesowi Oddziału dokonał w dniu 19 maja 1992 r. mgr Jacek Łęgowski, dyrektor PZF Cefarm. Część zbioru obejmującą ponad 1200 starodruków, receptariuszy i czasopism farmaceutycznych r. przeniesiono w 1998 r. do pomieszczenia udostępnionego Towarzystwu przez władze Wydziału Farmaceutycznego AMG. Stworzyło to podstawę do organizacji na wydziale Izby Muzealnej Farmacji oraz podjęcia pracy nad wykorzystaniem zbiorów dla celów naukowych i dydaktycznych. Z powodu trudności lokalowych znaczna część zbiorów znajduje się nadal w aptece "Ratuszowa" pod troskliwą opieką właścicielki apteki, mgr farm. Stefanii Gdaniec.
Członkowie Oddziału Gdańskiego aktywnie uczestniczą także w pracach Zarządu Głównego i Sekcjach Ogólnopolskich PTFarm. W skład Zarządu Głównego, wybieranego na kolejne kadencje przez Walne Zgromadzenie Delegatów wchodzili - prof. dr St. Byczkowski (1956-58 i 1962-67), prof. dr hab. J. Wierzchowski (1958-60), dr farm. E. Wawrzyniak (1964-67), dr farm. St. Vogel (1989-95) i prof. dr hab. M. Wesołowski (od 1998). Mgr farm. R. Jarocki był wieloletnim przewodniczącym Zespołu Sekcji Aptek Otwartych (1974-83), natomiast prof. dr hab. M. Nabrzyski - przewodniczącym Sekcji Bromatologicznej (1992-98).
Za aktywną działalność na rzecz Towarzystwa Farmaceutycznego piętnastu członków Oddziału Gdańskiego zostało wyróżnionych honorową odznaka PTFarm - Medalem im. Łukasiewicza, natomiast prof. dr St. Byczkowskiemu nadano w 1970 r. godność Członka Honorowego Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. Kilku członków Oddziału , pracowników naukowych Wydziału Farmaceutycznego AMG zostało także wyróżnionych nagrodami naukowymi Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. Z kolei w 1995 r. Oddział Gdański został uhonorowany medalem 50-lecia powstania Okręgowej Izby Aptekarskiej w Gdańsku.